Отвечу сам себе, надо подправить config.php, а именно добавить
'appstoreenabled' => true,
'appstoreurl' => "http://api.apps.owncloud.com/v1",
'appcodechecker' => true,
Потом ставим как обычно
Я также сделал отдельную секцию для сторонних приложений и закидываю их в папку apps2:
'apps_paths' => array(
0 => array(
'path'=> '/var/www/owncloud/apps',
'url' => '/apps',
'writable' => true,
),
1 => array(
'path'=> '/var/www/owncloud/apps2',
'url' => '/apps2',
'writable' => true,
),
),