Даниил Басманов

Можно и так и так, всё зависит от вашей технологии анимации, если анимация у вас покадровая, то разделить её на две половинки будет сложно, если же вы используете Spine или Anima2D, то сделать это будет гораздо проще, в примерах к Spine даже есть готовая реализация того, что вы хотите. Без плагинов разделить анимацию тоже можно, например, если у вас есть человечек с пистолетом в руке, просто отрезаете стреляющую руку и анимируете её отдельно, а тело всегда анимируете безруким, потом просто эти два объекта соединяете в иерархии трансформов. При таком подходе вы сможете вращать стреляющую руку как угодно не меняя анимацию тела.

Скелетная анимация однозначно проще в производстве и занимает меньше памяти, но, например, такую анимацию с ней не сделать:

Покадровая анимация позволяет нарисовать что угодно, проще добавлять эффекты и менять свойства материалов, можете хоть трёхмерную анимацию в спрайты запихать. С другой стороны, со скелетной анимацией проще делать плавные анимации, проще итерироваться. Я бы советовал попробовать с ней, благо юнити бесплатно предоставляет официальный плагин. Конечно, если вы супер-пупер-быстрый художник или делаете файтинг, то, возможно, лучше будет использовать покадровую анимацию.
Советую посмотреть презентации по ссылкам ниже, это позволит вам лучше понять разницу в рабочем процессе:
Animation Style and Process for Broken Age
Making Fluid and Powerful Animations For Skullgirls

docs.unity3d.com/Manual/class-GUIStyle.html
Если есть возможность, то лучше переходите на Unity 4.6, там это сделать гораздо проще.